蒙古草原上和森林中生長著豐富多樣的藥用植物，蒙古族人民在同大自然和疾病的斗爭中，用這些藥用植物來治療疾病和骨折、外傷，積累了不少的藥物學(xué)方面的知識。在史料中記載了蒙古地區(qū)的特產(chǎn)藥物肉蓯蓉。在六百多年前拉施達(dá)丁所著的《史集》中曾經(jīng)記載成吉思汗以前居住在鄂畢河上游森林里的“兀刺速惕、帖良古惕和客思的迷這些部落熟悉蒙古藥劑，以用蒙古方法很好地治病聞名于世”的史實(shí)。

　　元代時(shí)，隨著國內(nèi)各兄弟民族間經(jīng)濟(jì)文化的廣泛交流，歐、亞兩州各國之間的頻繁交往，蒙醫(yī)藥也進(jìn)入了一個新的發(fā)展時(shí)期。

　　藥物方劑方面的知識也進(jìn)一步得到了發(fā)展和豐富。內(nèi)地和國外的一些藥物進(jìn)入了蒙古地區(qū)，蒙古草原的特產(chǎn)肉蓯蓉等藥物也傳送到內(nèi)地和國外。各地藥物的廣泛交流，也豐富了蒙藥學(xué)、方劑學(xué)的內(nèi)容。

　　16世紀(jì)以后，隨著經(jīng)濟(jì)文化的發(fā)展，傳統(tǒng)的古代蒙醫(yī)藥也有了進(jìn)一步的發(fā)展和提高。出現(xiàn)了如《方?！贰端牟扛事丁贰睹伤幷洹返人帉W(xué)專著。

　　1949年以后，在黨的民族政策和民族醫(yī)藥政策指導(dǎo)下，蒙醫(yī)藥得到了應(yīng)有的地位。并且跨入了新中國高等教育的行列。在內(nèi)蒙古醫(yī)學(xué)院設(shè)立了蒙醫(yī)專業(yè)，并建立了蒙醫(yī)學(xué)院，從此有了培養(yǎng)蒙醫(yī)藥高級人才的基地。制定了《內(nèi)蒙古蒙藥材標(biāo)準(zhǔn)》《內(nèi)蒙古蒙成藥標(biāo)準(zhǔn)》，編寫出版了《中國醫(yī)學(xué)百科全書。蒙醫(yī)分卷》、部分蒙藥也被編入《中國藥典》（90版）中，從而保證了用藥的質(zhì)量和療效。也組織力量撰寫出了蒙醫(yī)藥專業(yè)用統(tǒng)編教材，使高等蒙醫(yī)藥教學(xué)步入了科學(xué)化、規(guī)范化、標(biāo)準(zhǔn)化的軌道。同時(shí)也促進(jìn)了蒙醫(yī)藥學(xué)知識理論化、系統(tǒng)化的進(jìn)程。