從明代繆希雍《本草經(jīng)疏》起，明清在藥物理論探討上出現(xiàn)了新的變更，其中有言本草必宗《本經(jīng)》的尊經(jīng)派，著力闡發(fā)《神農(nóng)本草經(jīng)》的藥物機(jī)理；有致力于《神農(nóng)本草經(jīng)》原文的輯復(fù)工作的；還有以張仲景所用藥物為研究對(duì)象，注疏“經(jīng)方”藥物的。這種尊經(jīng)復(fù)古傾向的產(chǎn)生與清代整個(gè)醫(yī)學(xué)界的復(fù)古思潮有關(guān)，與清政府禁固思想文化而產(chǎn)生的乾嘉考據(jù)學(xué)風(fēng)也有關(guān)。

　　1、注疏《神農(nóng)本草經(jīng)》藥物為主的本草著作

　　《本草祟原》為張志聰?shù)奈赐旮澹?jīng)其門人高士繼續(xù)完成。他們從藥物生成、形色性味及與病因病機(jī)之間的關(guān)系入手分析藥理，切于實(shí)際，通俗易曉。

　　清代中葉另有姚球撰有《本草經(jīng)解要》一書，論藥著重在“藥與癥相應(yīng)”。把藥物氣味功效與人體臟腑功能緊密結(jié)合，與《本草祟原》殊途同歸。

　　乾隆年間著名醫(yī)家除大椿撰集了《神農(nóng)本草經(jīng)百種錄》，從辨藥物之形氣監(jiān)督來探討藥性，研討精深，多有新意。他針對(duì)當(dāng)時(shí)一些不明藥性、濫用藥品的時(shí)弊予以抨擊。

　　陳修園撰寫《神農(nóng)本草經(jīng)讀》時(shí)常結(jié)合張仲景用藥法，并結(jié)合自身豐富的臨床經(jīng)驗(yàn)，頗有建樹。綜上各家的共同特點(diǎn)都是在理論上尊經(jīng)崇古，但由于以上著作多出于臨床經(jīng)驗(yàn)豐富的名醫(yī)之手，故有不少寶貴的用藥經(jīng)驗(yàn)體會(huì)，頗有新的見地，所以流傳較廣。

　　2、對(duì)《神農(nóng)本革經(jīng)》等的輯復(fù)工作

　　《神農(nóng)本草經(jīng)》的輯佚始于南宋，至明代有盧復(fù)輯佚本。清代受考據(jù)學(xué)的直接影響，一些經(jīng)學(xué)家把其余力用在本草著作上，出現(xiàn)了一股小小的輯佚熱潮，孫星衍、孫馮翼所輯《神農(nóng)本草經(jīng)》醫(yī)學(xué)|教育網(wǎng)搜集整理是各種輯佚本中較突出的一部。孫星衍是清代著名考據(jù)學(xué)家，孫馮翼是他的學(xué)生，仰仗他們淵博的學(xué)識(shí)、豐富的資料和嚴(yán)謹(jǐn)?shù)膶W(xué)風(fēng)，二孫輯本受到廣泛重視，多次翻刻，影響較大。此后顧觀光在《神農(nóng)本草經(jīng)》藥物校勘和考證方面下了一定功夫，輯為新的本子，但其編排次序取自《本草綱目》所列《本經(jīng)》目錄，未為允當(dāng)。

　　此外清代對(duì)《吳普本草》、《雷公炮炙論》、《新修本草》都作了初步輯復(fù)工作。

　　3、注疏經(jīng)方藥物為主的本草著作

　　清代部分尊經(jīng)復(fù)古者專門討論《傷寒論》、《金匱要略》兩部經(jīng)典中的藥物黃元御《長(zhǎng)沙藥解》，取張仲景方書中161味藥，探討張仲景治病用藥機(jī)理。其特點(diǎn)是將論病與用藥議方結(jié)合起來，間附個(gè)人見解，對(duì)當(dāng)時(shí)醫(yī)學(xué)中的流弊也多加針砭。

　　鄒澍將張仲景所用173味藥予以疏證，編成《本經(jīng)疏證》。該書將藥物分為三品，除注疏藥性外，還在毒藥下論述了藥物基原，其特點(diǎn)是結(jié)合個(gè)人體會(huì)，把藥、方、病結(jié)合起來論述。

　　此外還有周巖《本草恩辨錄》吳槐綬《南陽藥證匯解》和田伯良《神農(nóng)本草經(jīng)原文藥性增解》也都著眼于張仲景用藥法的研究。