醫(yī)學(xué)會(huì)議中心

TCGA&GEO高通量數(shù)據(jù)挖掘分析班課表

日期

時(shí)間

課程安排

內(nèi)容介紹

周六上午

9:00-10:00

生信簡介

生物信息介紹

高通量：測序及芯片介紹——多組學(xué)：轉(zhuǎn)錄組學(xué)、基因組學(xué)、表觀組學(xué)、宏基因組學(xué)等

經(jīng)典生信SCI文章的思路解讀，了解TCGA數(shù)據(jù)庫、GEO數(shù)據(jù)庫及高通量測序數(shù)據(jù)的挖掘獲得創(chuàng)新結(jié)論并發(fā)文章的思路

10:00-10:15

茶歇

10:15-12:00

TCGA數(shù)據(jù)庫

NCBI GEO數(shù)據(jù)庫

TCGA數(shù)據(jù)庫：最全的癌癥高通量數(shù)據(jù)公共庫(簡介)

TCGA數(shù)據(jù)庫的產(chǎn)生過程

TCGA官方數(shù)據(jù)庫的介紹和使用（包含了轉(zhuǎn)錄組、基因組、表觀組和臨床信息數(shù)據(jù)）

GEO數(shù)據(jù)庫介紹及使用：高通量芯片數(shù)據(jù)查找、篩選、探針轉(zhuǎn)換、差異分析等。

12:00-13:30

午餐及午休

周六下午

13:30-15:00

TCGA相關(guān)下載工具

TCGA數(shù)據(jù)庫據(jù)下載：RNA-seq數(shù)據(jù)、miRNA-seq數(shù)據(jù)、甲基化數(shù)據(jù)、基因組數(shù)據(jù)及臨床信息數(shù)據(jù)的下載
TCGA數(shù)據(jù)書庫癌癥數(shù)據(jù)的處理，獲得關(guān)鍵mRNA、miRNA的表達(dá)譜矩陣。

15:00-15:20

茶歇

15:20-17:00

TCGA相關(guān)分析工具

TCGA數(shù)據(jù)分析——突變分析、差異分析、關(guān)聯(lián)分析、生存分析、miRNA調(diào)控靶基因分析等。

獲得生存曲線圖（KM曲線，分為臨床因素和基因表達(dá)兩種KM曲線）

周日上午

8:30-10:30

TCGA數(shù)據(jù)后續(xù)高級分析工具實(shí)戰(zhàn)

功能富集分析——GO富集和KEGG pathway富集分析

聚類熱圖制作

10:30-10:45

茶歇

10:45-12:00

TCGA數(shù)據(jù)后續(xù)高級分析工具實(shí)戰(zhàn)

蛋白互作分析（PPI）及網(wǎng)絡(luò)圖構(gòu)建

網(wǎng)絡(luò)分析及hub蛋白/基因獲得。

12:00-13:30

午餐及午休

周日下午

13:30-15:00

TCGA數(shù)據(jù)庫與GEO數(shù)據(jù)庫挖掘

基于TCGA的lncRNA-miRNA-mRNA全轉(zhuǎn)錄組整合分析思路演練

基于TCGA的甲基化與轉(zhuǎn)錄組整合分析思路演練

基于GEO數(shù)據(jù)庫多套數(shù)據(jù)整合（meta）分析思路演練

15:00-15:20

15:20-16:30

整體演練并錄屏

在電腦上快速完成從頭到尾的一套數(shù)據(jù)實(shí)戰(zhàn)，及答疑

注意事項(xiàng)：學(xué)員需自己帶電腦，要求為windows系統(tǒng)，現(xiàn)場不得錄音錄像，上課所用軟件為Heml，GSE