醫(yī)學(xué)會(huì)議中心

會(huì)議日期	2020-12-10至 2020-12-13
會(huì)議地點(diǎn)	江蘇南京
會(huì)議學(xué)科	基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)微生物
主辦單位	中科成創(chuàng)（北京）生物技術(shù)有限公司
學(xué)分情況	無(wú)

微生物宏基因組學(xué)及后期數(shù)據(jù)分析專題培訓(xùn)班

各有關(guān)單位:

微生物作為地球環(huán)境中的一大類生物群體，每種微生物都有其獨(dú)特的功能。微生物學(xué)（microbiology）作為生物學(xué)的分支學(xué)科之一，在許多學(xué)科領(lǐng)域都發(fā)揮著舉足輕重的作用。作為國(guó)內(nèi)最大的綜合性微生物學(xué)研究機(jī)構(gòu)，為推動(dòng)我國(guó)微生物學(xué)的發(fā)展，提高從業(yè)人員的技術(shù)水平，更好地與微生物研究領(lǐng)域的專家學(xué)者們分享、交流在微生物研究領(lǐng)域中的心得、經(jīng)驗(yàn)。應(yīng)廣大行業(yè)工作者的要求，由中科成創(chuàng)（北京）生物技術(shù)有限公司舉辦“生物信息學(xué)最新技術(shù)-微生物宏基因組學(xué)及后期數(shù)據(jù)分析專題培訓(xùn)班。培訓(xùn)班采用理論和演示相結(jié)合的教學(xué)形式，使學(xué)員在短時(shí)間內(nèi)對(duì)微生物研究中涉及的知識(shí)和方法得到進(jìn)一步地提高，同時(shí)學(xué)員與授課專家進(jìn)行現(xiàn)場(chǎng)交流與咨詢，探討學(xué)員在平時(shí)工作、研究中的瓶頸問(wèn)題。與同行交流以拓寬自己的研究思路，共同探討和挖掘微生物資源的科學(xué)研究?jī)r(jià)值和應(yīng)用前景。具體事宜通知如下：

 

一、培訓(xùn)目標(biāo)及特點(diǎn)：

本培訓(xùn)以微生物宏基因組學(xué)技術(shù)的應(yīng)用與數(shù)據(jù)分析為主題，精心設(shè)計(jì)了具有前沿性、實(shí)用性和針對(duì)性強(qiáng)的理論課程和上機(jī)課程。培訓(xùn)邀請(qǐng)的主講人均是有理論和實(shí)際研究經(jīng)驗(yàn)的人員。學(xué)員通過(guò)與專家直接交流，能夠分享到這些頂尖學(xué)術(shù)機(jī)構(gòu)的研究經(jīng)驗(yàn)和實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)思路。學(xué)員通過(guò)集中專題學(xué)習(xí)后能夠擴(kuò)展思路，在研究技術(shù)方面領(lǐng)悟更多。

 

二、授課專家：

主講專家來(lái)自中科院科研機(jī)構(gòu)的高級(jí)專家，擁有豐富的科研工作經(jīng)驗(yàn)，長(zhǎng)期從事生物信息學(xué)方面的項(xiàng)目研究，發(fā)表Nature, Nature Cell Biology, Molecular Cell等雜志40多篇。具有資深的技術(shù)底蘊(yùn)和專業(yè)背景，目前承擔(dān)國(guó)家科技部、國(guó)家自然基金委和市科技新星項(xiàng)目等多項(xiàng)課題。

 

三、培訓(xùn)對(duì)象：

大中專院校生物信息、生物計(jì)算、生命科學(xué)、醫(yī)學(xué)、化學(xué)、農(nóng)學(xué)、計(jì)算機(jī)科學(xué)、數(shù)學(xué)類專業(yè)的課程負(fù)責(zé)人、一線教師、教研室骨干人員、教學(xué)管理人員；科研單位從事生物、生命科學(xué)、微生物研究的相關(guān)人員；生物、醫(yī)藥、化學(xué)及相關(guān)企業(yè)的領(lǐng)導(dǎo)與技術(shù)骨干。

 

四、時(shí)間地點(diǎn)：        2020年12月10日——12月13日   江蘇  南京

                                  （時(shí)間安排：第1天報(bào)到，授課3天）

五、培訓(xùn)內(nèi)容：

（12月11日  上午）

微生物基因組

微生物基因組和轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究

1.1、微生物基因組研究的意義

1.2、微生物基因組研究概況

1.3、微生物基因組的特點(diǎn)

1.4、微生物轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究

 

（12月11日 下午）

 R語(yǔ)言繪圖

1.1  R語(yǔ)言基本介紹

1.2  R語(yǔ)言基本運(yùn)算、向量函數(shù)

1.3 R語(yǔ)言數(shù)據(jù)讀入以及導(dǎo)出

ggplot2基本繪圖 （條形圖、散點(diǎn)圖、折線圖等）

 

（12月12日 上午）

 宏基因組學(xué) 

1. 16S rDNA AMPLICON SEQUENCING 法

1.1. 測(cè)序平臺(tái)、引物設(shè)計(jì)及區(qū)域選擇不同測(cè)序平臺(tái)、針對(duì)細(xì)菌、真菌不同微生物實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)

1.2. 測(cè)序量及采樣建議

針對(duì)水體、糞便、土壤、物體表面、口腔等不同生境

1.3. 分析流程圖

數(shù)據(jù)收集、數(shù)據(jù)預(yù)處理、數(shù)據(jù)分析

1.4. 結(jié)果解析

1.4.1 OTU聚類

1.4.2 物種注釋

1.4.3 物種分布情況

1.4.4 樣品復(fù)雜度分析：α多樣性

Coverage   Chao指數(shù)   ACE指數(shù)

Shannon曲線

Richness rarefaction曲線

1.4.5 多樣品比較分析：β多樣性

樣品間物種豐度熱圖

排序分析：

PCA分析

PCoA分析

NMDS分析

Unifrac分析

樣品聚類分析

2. DSS （direct shotgun sequencing）法

2.1. 分析流程

2.2. 功能注釋分析

2.3. 代謝途徑解析

 

（12月12日  下午）

 微生物基因組及宏轉(zhuǎn)錄組常用軟件介紹

2.1 微生物基因組在線圈圖分析

2.2 代謝通路分析（KEGG & KAAS）

2.3 病原菌耐藥基因鑒定（CARD & Resfinder）

2.4 細(xì)菌基因組島鑒定 （Islandviewer）

2.5 CAZy 碳水化合物活性酶注釋（宏轉(zhuǎn)錄組）

2.6 基因差異表達(dá)分析（宏轉(zhuǎn)錄組）

2.7 基因聚類分析（宏轉(zhuǎn)錄組）

 

（12月13日  上午）

 宏轉(zhuǎn)錄組學(xué)

 1 宏轉(zhuǎn)錄組學(xué)介紹

2 宏轉(zhuǎn)錄組學(xué)定義

3 宏轉(zhuǎn)錄組研究方法

4 宏轉(zhuǎn)錄組研究?jī)?nèi)容

5 宏基因組與宏轉(zhuǎn)錄組的差別

 

（12月13日  下午）

 16S測(cè)序數(shù)據(jù)分析及宏基因組學(xué)軟件介紹

 1. 筆記本電腦配置要求建議筆記本內(nèi)存4G以上，64位操作系統(tǒng)

2. 針對(duì)16S rDNA amplicon sequencing分析

2.1. 虛擬機(jī)安裝：Virtual Box

2.2. 16S分析運(yùn)行環(huán)境搭建：QIIME Virtual Machine

 

2.3. 實(shí)例演示及結(jié)果展示

數(shù)據(jù)預(yù)處理

OTU 聚類

物種注釋

OTU table生成

α多樣性分析

序列比對(duì)

構(gòu)建進(jìn)化樹(shù)

β多樣性分析

 

3. 針對(duì)shotgun sequencing分析（只做流程演示講解）

3.1. 序列質(zhì)量控制：fastqc

3.2. 序列拼接

3.3. 基因預(yù)測(cè)及豐度分析

3.4. 物種注釋

3.4. 功能注釋

3.5. MetaSPAdes、MEGAN、metAMOS等軟件介紹

 

（*實(shí)際授課還會(huì)增加一些學(xué)員報(bào)名時(shí)反饋的感興趣內(nèi)容，希望參會(huì)人員可以把自己想了解的內(nèi)容，報(bào)名時(shí)一起填寫(xiě)在回執(zhí)表上。大家在上課期間有什么問(wèn)題，都可以隨時(shí)提出，如果有針對(duì)性問(wèn)題可在 課間、課下和老師進(jìn)行交流；）

 

 

六、報(bào)名辦法及費(fèi)用： 

每人￥3980元（含報(bào)名費(fèi)、培訓(xùn)費(fèi)、資料費(fèi)、上機(jī)費(fèi)）

團(tuán)隊(duì)報(bào)名：4+1優(yōu)惠。（5位其中1位免除費(fèi)用）

食宿可統(tǒng)一安排，費(fèi)用自理。各單位人員報(bào)名參加，報(bào)名回執(zhí)表請(qǐng)回傳至?xí)��?wù)處即可。

如單位有內(nèi)訓(xùn)需求，請(qǐng)將內(nèi)訓(xùn)方案?jìng)髦習(xí)��?wù)組，根據(jù)單位需求安排相應(yīng)專家進(jìn)行授課

 

七、聯(lián)系方式：   

聯(lián)系人:張琦  17744569660

報(bào)名郵箱：760459081@qq.com