醫(yī)學(xué)會(huì)議中心

理論內(nèi)容：

一、宏基因組學(xué)

1. 16S rDNA AMPLICON SEQUENCING 法

1.1. 測(cè)序平臺(tái)、引物設(shè)計(jì)及區(qū)域選擇不同測(cè)序平臺(tái)、針對(duì)細(xì)菌、真菌不同微生物實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)

1.2. 測(cè)序量及采樣建議

針對(duì)水體、糞便、土壤、物體表面、口腔等不同生境

1.3. 分析流程圖

數(shù)據(jù)收集、數(shù)據(jù)預(yù)處理、數(shù)據(jù)分析

1.4. 結(jié)果解析

1.4.1 OTU聚類

1.4.2 物種注釋

1.4.3 物種分布情況

1.4.4 樣品復(fù)雜度分析：α多樣性

Coverage

Chao指數(shù)

ACE指數(shù)

Shannon曲線

Richness rarefaction曲線

1.4.5 多樣品比較分析：β多樣性

樣品間物種豐度熱圖

排序分析：

PCA分析

PCoA分析

NMDS分析

Unifrac分析

樣品聚類分析

2. DSS （direct shotgun sequencing）法

2.1. 分析流程

2.2. 功能注釋分析

2.3. 代謝途徑解析

二、宏轉(zhuǎn)錄組學(xué)

1 介紹

2 物種組成、功能及代謝途徑分析

宏基因組優(yōu)勢(shì)菌分析

1.泛基因組分析

2.宏基因組中的優(yōu)勢(shì)菌株單基因組分析

上機(jī)實(shí)習(xí)：

一、宏基因組中的優(yōu)勢(shì)菌株單基因組常規(guī)分析流程

1.原始數(shù)據(jù)評(píng)估 （fastqc）

2 基因組拼接、畫(huà)圖（CGview等）

3 功能注釋 （KEGG、CARD、Resfinder等）

4 進(jìn)化樹(shù)分析 （MEGA、evolview）

5 多菌株泛基因組分析 (PanGP)

二、宏基因組學(xué)（16S部分）介紹以及上機(jī)操作

1.Virtual box 及Qiime2 安裝

2.Linux基礎(chǔ)知識(shí)介紹

3.Qiime2：數(shù)據(jù)處理，

         質(zhì)控，

 生成feature，

 進(jìn)化樹(shù)構(gòu)建，

 多樣性分析，

 差異分析，

 物種注釋

三、R語(yǔ)言基礎(chǔ)及宏基因組相關(guān)統(tǒng)計(jì)分析

1.常用基本命令

變量賦值

文件讀寫

常用的統(tǒng)計(jì)函數(shù)

2.差異OTU及差異菌群分析

wilcox檢驗(yàn)

3.相關(guān)性檢驗(yàn)

差異OTU與樣本臨床信息相關(guān)性檢驗(yàn)

4.alpha多樣性

5.beta多樣性

6.PCoA

7.機(jī)器學(xué)習(xí)

邏輯回歸

隨機(jī)森林

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