中山大學藥學院是原中山大學和中山醫(yī)科大學兩校合并后于2002年6月成立的第一個新學院。學院以中山大學生命科學學院藥學系為基礎，整合了中山大學生命科學學院、中山大學化學與化學工程學院以及中山大學中山醫(yī)學院有關藥學科學研究的資源，以中山大學的綜合力量為依托組建而成。

藥學院自成立以來，堅持以高標準、高醫(yī)學|教育網搜集整理起點要求自身。著名中國科學院院士陳新滋教授擔任藥學院名譽院長，他對未來的定位提出了明確的目標：“用五到十年的時間，成為中國一流的藥學院”。為實現這一目標，學院一直致力于學科建設，積極引進各類教學和科研人才，加強各種硬件建設，不斷完善各種規(guī)章制度，充分調動教職員工積極性，努力營造學院文化。如今，藥學院已逐步成為廣東省和全國的藥物（新藥）研究、開發(fā)與評價中心及藥學人才培養(yǎng)基地。