黑龍江中醫(yī)藥大學附屬第二醫(yī)院是一所集醫(yī)療、教學、科研于一體，突出針灸、推拿、康復特色的綜合性三級甲等中醫(yī)醫(yī)院，是國家首批重點中醫(yī)院（現(xiàn)代化中醫(yī)醫(yī)院）建設單位，國家中醫(yī)醫(yī)院中醫(yī)藥文化建設試點單位，全國中醫(yī)中風病醫(yī)療中心建設單位，黑龍江省針灸推拿康復醫(yī)療中心。

黑龍江中醫(yī)藥大學附屬第二醫(yī)院的前身是成立于1963年的黑龍江中醫(yī)學院附屬醫(yī)院第一門診部，1992年成立黑龍江中醫(yī)學院附屬第二醫(yī)院，1995年通過三級甲等中醫(yī)醫(yī)院評審。在全國中醫(yī)藥院校中率先實行“醫(yī)學教|育網(wǎng)搜集整理院系合一”管理體制，1997年更名為“黑龍江中醫(yī)藥大學針灸推拿學院暨附屬第二醫(yī)院”，2007年8月新醫(yī)療大樓投入使用，2011年黑龍江中醫(yī)藥大學康復醫(yī)學院成立，落戶黑龍江中醫(yī)藥大學附屬第二醫(yī)院。