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（一）慢性阿米巴痢疾 其鑒別要點與急性期大致相同。

（二）慢性非特異性潰瘍性結(jié)腸炎此病患者一般狀況較差，癥狀遷延不愈，抗生素治療無效。醫(yī)'學教育網(wǎng)|整理糞便培養(yǎng)多次均無致病菌。腸粘膜出血點、質(zhì)脆，接觸易出血。鋇灌腸或全消化道鋇透檢查，腸粘膜皺紋消失，晚期結(jié)腸袋消失，結(jié)腸變短，管腔狹窄為其特征。

（三）腸結(jié)核 多繼發(fā)于肺結(jié)核，痰抗酸染色或24小時痰濃集法可查見結(jié)核桿菌，腸道病變多在回盲部，故右下腹壓痛或捫及腫塊，鋇劑灌腸X線檢查有助于診斷。

（四）直腸癌、結(jié)腸癌 多見于中老年人，并發(fā)局部感染時酷似菌痢，需依據(jù)肛門直腸指診、腸鏡及腸粘膜活檢等手段確診。

（五）腸道菌群失調(diào) 由于濫用抗藥物或者廣譜抗藥物使用時間較長，易引起菌群失調(diào)。主要為腸道桿菌減少或消失，代之金葡萄、真菌（主要為白色念珠菌）及某些革蘭陰性菌或厭氧菌感染，表現(xiàn)炎腹瀉不愈，大便性狀可因病原不同而異，以乳幼兒、年老體弱者多見。